Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương có chức năng nghiên cứu về dịch tễ học, vi sinh y học, miễn dịch học và sinh học phân tử; nghiên cứu phát triển vắc xin mới và chế phẩm sinh học dùng cho người; chỉ đạo một số chương trình y tế quốc gia; tư vấn và đề xuất với Bộ Y tế về các chiến lược và biện pháp y học dự phòng nhằm hạn chế và thanh toán các bệnh phổ biến, nguy hiểm và mới nảy sinh; chỉ đạo hoạt động chuyên ngành, đào tạo sau đại học và xây dựng mạng lưới y tế dự phòng trên phạm vi toàn quốc.[4]